Ծնվել է Թոխաթում (Եվդոկիա), հայրը՝ Ամիրբեկ, մայրը՝ Եվա։ Ժամանակակիցներին ներկայացել է իբրև Արծրունյաց թագավորական տան շառավիղ։ 1562-ին մասնակցել է Սեբաստիայի գաղտնի խորհրդաժողովին։ Հայոց կաթողիկոս Միքայել Ա ՍեբաստացինԹոխաթեցու գլխավորությամբ պատգամավորություն է ուղարկել Հռոմ՝ Հայաստանի ազատագրության, ինչպես նաև դավանաբանական հարցերով։ Հռոմի պապի հանձնարարությամբ Թոխաթեցին Աղեքսանդր քահանայի հետ կազմել է հայերի Դավանագիրը (Հավատո հանգանակ), որը 1565-ի փետրվարին ներկայացրել է հատուկ հանձնաժողովին։ Այստեղ Թոխաթեցին քաղաքական նկատառումներով դավանական նվիրվածություն է հայտնել պապին և շեշտել, թե Հայ և Կաթոլիկ եկեղեցիների միջև տարբերությունները չնչին են։ 1565-ին Վենետիկում հիմնադրել է տպարան և տպագրել «Խառնայ փնթուր տումարի» օրացույցը (մեկ էջանոց) և առաջին հայերեն «Սաղմոսարանը»[1] (վերջինս մինչև 1880-ական թվականներին սխալմամբ համարվել է հայերեն առաջին տպագիր գիրքը, իսկ Թոխաթեցին՝ առաջին հայ տպագրիչը, այնինչ ուսումնասիրությունը ցույց է տվել, որ Աբգար Թոխաթեցին տպագրությունն սկսել է ձեռքի տակ ունենալով հայ առաջին տպագրիչ Հակոբ Մեղապարտի գրքերը)։ 1567-ին Թոխաթեցին տպարանը տեղափոխել է Կոստանդնուպոլիս և Ս․ Նիկողայոս եկեղեցում իր որդի Սուլթանշահի գործակցությամբ հիմնադրել Կ․ Պոլսի հայկական առաջին տպարանը, տպագրել վեց գիրք՝ որոնցից առաջինը վերաբերում է քերականության, «Փոքր քերականութիւն» (1567), իսկ ամենօրյա ժամերգությունների և եկեղեցածիսակատարության վերաբերող, «Ժամագիրք» և «Պատարագամատոյց» (1568), յուրաքանչյուր տարվա տոնակարգը ցույց տվող «Տօնացոյց» (1568), «Տաղարան» (1568), «Պարզատումար» (1568), ծիսական կարգերի, օրհնությունների և աղոթքների վերաբերող «Մաշտոց» (1569)։